テクスチャペイントは、私のような趣味勢にとってはSTEAMのインディーズライセンス版がちょうどいいです。ホントに。ハイポリからローポリにベイクするのもコレでやったほうがいいです。
というわけで、ペイント云々よりベイク処理のやりやすさを紹介します。
まず、ハイポリとローポリの位置関係とトレース範囲を視覚的に確認でき、エラーがある部分を強調表示することができます。
で、ハイポリとローポリが、複数のメッシュで構成されて同一のマテリアルを使う構成の場合、仮にメッシュ同士が交差していると、その部分でベイク処理にも不具合が出ます。対策として、おそらく分離させたりするんだろうけど、その場合ハイポリベースのAOマップが忠実にベイクできません。
で、SubstancePainterはハイポリとローポリ双方の構成に含まれているメッシュの名前でベイク処理を分けてくれます。関係性の構成に漏れがないかもチェックできます。で、IDマップも出力すればレイヤごとにマスク処理として使えます。
これで複数のメッシュのベイクを簡単に単一マテリアル内に収められることになります。